Nejčastějším důvodem opakovaných infekcí dolních močových cest je narušení ochranného povlaku na sliznici močových cest. Ten totiž obsahuje mukopolysacharidy, glykosoamioglykany a také protilátky. Právě ony totiž normálně likvidují všechny bakterie, které se do močových cest dostanou a jsou nepřátelské.

Bílé krvinky kontrolují každou bakterii, která se dostane do organizmu. Pokud ji označí za cizorodou látku, pohltí ji a rozbijí. Pak kousíčky vyloží na svém povrchu jako rozinky na koláči a zavolají ostatní buňky imunitního systému, aby přišly prozkoumat jejich strukturu. Ty vytvoří protilátky likvidující všechny podobné bakterie, které později potkají.

Je-li vlastní imunita člověka oslabena, pak mohou biologický proces výroby protilátek převzít tzv. imunomodulátory (imunostimulanty). Výrobce takových léků v podstatě přejímá roli bílých krvinek. Upraví místo nich bakterie, které pak preventivně vyvolají odpověď imunity specificky zaměřenou právě například na Escherichia coli vyvolávající infekce močových cest. Organizmus je tak připraven s bakteriemi bojovat hned, jak se objeví.

Léky posilující obranyschopnost organizmu, mezi které patří např. Uro-Vaxom, mohou doplnit léčbu antibiotiky, která bývá u zánětů dolních cest nejčastěji užívanou. Lepšího efektu však lze dosáhnout preventivní terapií jednou ročně v délce tří měsíců. Organizmus je pak na vpád nepřátelských bakterií E.coli či dalších připraven a může velmi rychle reagovat.

Možnost posílení obranyschopnosti proti bakteriím vyvolávajícím infekci dolních cest močových jinými prostředky než imunomodulanty je problematická. V poslední době se na trhu objevily tzv. proteoglykany vyrobené ze stěn některých bakterií a hub, které zvyšují a urychlují imunitní reakce. Jejich specifický účinek v prevenci infekcí močových cest však dosud nebyl prokázán žádnou studií.

Bakterie Escherichia coli (E.coli) žije běžně v tlustém střevě všech teplokrevných živočichů včetně člověka. Je jedním z nejdůležitějších zástupců střevní mikroflóry a její přítomnost je nezbytná pro správný průběh trávicích procesů ve střevě. Pokud ale vycestuje ze svého přirozeného prostředí, stává se nebezpečnou – může způsobit infekce močového traktu, ledvin, záněty pobřišnice, a dokonce může proniknout i na kůži či do dýchacího traktu. Její nekontrolovatelné množení v jiném než pro ni běžném prostředí může u slabších jedinců vést i k ohrožení života.

Ze střevního rezervoáru (a kůže na hrázi) pocházejí i další původci infekce dolních močových cest. Patři mezi ně Enterococcus faecalis, Staphyloccus epidermidis či Streptococcus viridans. Opakované infekce nemocných po předchozí časté léčbě antibiotiky tvoří již vyselektované odolné bakterie, jako je Pseudomonas sp., Klebsiella sp., Proteus sp.